Hoe homeopathie werkt, heeft te maken met het principe van gelijkenis. De klachten die het gekozen middel in een gezond mens (in ruwe vorm) teweeg zou kunnen brengen, dienen zoveel mogelijk te lijken op de klachten van de persoon. De klachten die iemand heeft, zijn niet de ziekte zelf, maar de manier waarop het lichaam probeert van de ziekte af te komen. Denk bijvoorbeeld aan buikgriep. De diarree en het overgeven worden uiteindelijk niet veroorzaakt door het virus, maar door het lichaam zelf. Het is de manier om het virus wat is binnengekomen in het maag-darmstelsel zo snel mogelijk weer naar buiten te werken. Na enige tijd lukt dit, het virus is opgeruimd en de klachten verdwijnen weer. Het lichaam heeft succesvol de "verstoring van de gezondheid" overwonnen. Een ander voorbeeld is een dwangneurose. Dit is geen ziekte is op zichzelf, maar een manier van onze levenskracht om om te gaan met een hele diepe angst, ontstaan door een traumatische gebeurtenis. De traumatische ervaring is niet verwerkt en in plaats van dat de levenskracht de verstoring kan opruimen, blijft het bij pogingen om de angst beheersbaar te houden door een gevoel van controle te creëren. De symptomen/klachten die blijven bestaan na een bepaalde verstoring (dit kan zijn een verwonding, zonnesteek, schok, verdriet, uitputting door studeren, virusinfectie, vaccinatie etc.) zijn samen met de oorzaak een indicatie voor het benodigde middel. Ze laten namelijk zien op welke manier de levenskracht met het probleem om probeert te gaan. Een passend middel stimuleert/versterkt de levenskracht, waardoor deze voldoende kracht krijgt om de verstoring nu ook echt op te ruimen.

Ook al wordt er nog vaak door mensen gezegd dat homeopathie niet is bewezen, niets is minder waar. Een heel bijzonder onderzoek vond plaats in 2000 aan de universiteit van Utrecht, waarbij cellen die onder een microscoop werden bekeken, werden beschadigd met arsenicum en vervolgens na toediening van het homeopathisch gepotentieerde arsenicum in actie kwamen en zichzelf volledig herstelden. Van placebo effect kan hier uiteraard geen sprake meer zijn. Verder zijn er ook heel wat onderzoeken gedaan waarbij de werking van homeopathie vergeleken werd met de werking van gewone medicijnen bij bepaalde klachten en zijn er ook dierstudies gedaan, waarbij homeopathie werd ingezet ter preventie van infectieziektes bij bv veedieren.

Hoewel tegenwoordig meestal bedacht wordt wat zou kunnen werken, waarna dit uitgetest wordt, is deze ontdekking andersom gedaan. Eerst ontdekte Hahnemann dat homeopathie werkte en daarna is hij gaan beredeneren hoe het dan werkt en waarom. Hahnemann was in zijn tijd (tussen 1700 en 1800) een arts, maar ontevreden over de resultaten van de toentertijd gebruikte therapieën zoals zwavel en kwikzilver, sloot hij zijn huisartsenpraktijk. Als werk ging hij medische boeken vertalen en stuitte daarbij op verslagen over het inzetten van kinabast bij malaria. Hoewel zijn ervaring was dat de meeste in die tijd gebruikte middelen de mensen alleen maar zieker maakten, leek dit wel echt te werken. Om te ontdekken wat kinabast dan precies voor werking had op het menselijk lichaam, probeerde hij het zelf uit. Prompt ontwikkelde hij daarop wisselkoortsen en andere malariasymptomen. Na verder uitproberen werd duidelijk dat het innemen van kinabast door een gezond mens de symptomen veroorzaakte, die het bij de malariapatient genas. Bij verder onderzoek bleek dit niet alleen voor kinabast te gelden, maar voor alle stoffen. Door vele stoffen uit te proberen en ervan te documenteren wat deze bij gezonde personen teweeg brachten en deze vervolgens te geven aan zieke mensen met dezelfde symptomen (hij kon dit doen, want hij was huisarts en had zijn praktijk opnieuw geopend), ontwikkelde hij een systeem dat homeopathie ging heten, wat zoveel wil zeggen als “het gelijkende geneest”. Zeker in geval van giftige stoffen, merkte hij op dat het lichaam bij grotere hoeveelheden (logischerwijs) moeite had om deze te verwerken. Het duurde dan enige tijd voor het herstel op gang kwam. Om dit te bespoedigen, experimenteerde Hahnemann met het verdunnen van de middelen die hij toediende. Het bleek dat dit niet alleen zorgde voor een veel sneller herstel, met minder bijwerkingen,